Hoewel de Ninja Double Stack veel pluspunten heeft, zijn er ook enkele kanttekeningen. Ten eerste kan de verticale, gestapelde opbouw beperkingen opleggen voor grotere of hoge stukken voedsel; ovenschaalvormige gerechten of zeer hoge etages zetten passen mogelijk niet goed in een lade. Als je vaak grote braadpannen of hoge taarten maakt, is dit model minder geschikt dan een brede oven of een andere, grotere airfryer.
Een ander punt is dat het apparaat, door het gebruik van twee aparte ventilatoren en verwarmingselementen, iets meer geluid produceert dan sommige eenvoudige single-basket airfryers. Het is niet storend, maar wie een stil apparaat wil tijdens thuiswerken of baby dutjes, kan dit als nadeel ervaren. Ook vergt het werken met meerdere niveaus en roosters enige gewenning: je moet leren welke materialen en diktes het beste op welke positie garen om ongelijkmatige bruining te voorkomen.
Tot slot kan het reinigen van de verticale binnenkant en de uiteinden rond de ventilatoren wat meer aandacht vragen; hoewel de roosters en crisper-inzetten vaatwasmachinebestendig zijn, blijven hoeken en naden handmatig schoonmaken. En er zijn geen geïntegreerde slimme functies of app-connectiviteit — wie dat belangrijk vindt, moet elders kijken.